Nessa veremos como por a casa em ordem, isto é, quando estranhamente o ícone do Gerenciador de Arquivos nos leva a abertura de algum programa estranho a esse próposito.
Já me ocorreu muitas vezes de ao clicar no ícone do Gerenciador de Arquivos (na maioria das vezes era o Thunar) o que abria era o Audacious rsrs, então veremos aqui como resolver a bagaça:
Com o comando abaixo descubra quem está definido como padrão:
$ xdg-mime query default inode/directory
Aqui apareceu o QMPlayer2, ótimo player de audio, rádios web, vídeos, downloader de vídeos do Youtube, etc mas que não é um Gerenciador de Arquivos como o Thunar, Dolphin, Nautilus, Nemo, Caja, etc.
E com o comando abaixo redefinirei o Caja (fork do Nautilus) e o Gerenciador padrão do MATE Desktop:
$ xdg-mime default caja.desktop inode/directory application
Pra confirmar se deu certo, basta executar o primeiro comando:
$ xdg-mime query default inode/directory
caja.desktop

IntÉ!